La Misión de San Francisco de Borja data del siglo XVI y conserva tumbas dentro del templo. Para 1648 ya era una hacienda próspera de semillas y ganado, pero fue devastada por las rebeliones tarahumaras. En 1673, los jesuitas Juan Gamboa y Fernando Barrionuevo iniciaron la fundación de una nueva misión, continuada en 1674 por Tomás de Guadalajara y José Tarda, quienes consolidaron un partido misional en la región. Según un informe de 1678, la iglesia fue completamente reconstruida y contaba con instalaciones cómodas. En 1677, el padre Francisco de Celada asumió la construcción del actual templo, donde permaneció hasta 1707.